Druga odsłona sagi o Planecie Małp zaczyna się dokładnie w momencie zakończenia jej części pierwszej. Taylor wraz z Novą przemierzają terytorium "zakazanej strefy". W tym samym czasie kolejny astronauta - Brent, rozbija się na powierzchni planety. Mężczyzna spotyka jadącą samotnie konno Novę. Dociera z nią do Miasta Małp, gdzie od Corneliusa i Ziry dowiaduje się o Taylorze. Ruszając jego śladem trafia do tytułowych podziemi Planety Małp, gdzie wciąż żyje ocalała z atomowego ognia garstka ludzi. Tymczasem wojownicze goryle ruszają z potężną armią do "zakazanej strefy", przeciwko tejże resztce ludzkości. Krwawa konfrontacja jest nieunikniona.