Dwa lata po wydarzeniach z Galaxy Express 999 Ziemia stała się polem bitwy, a Tetsuro zostaje wezwany, by ponownie wsiąść na pokład Three-Nine. W tym wstrząsającym, pełnometrażowym kinowym zwieńczeniu epickiej opowieści Leijiego Matsumoto wszystkie pytania znajdą odpowiedź, a wszystkie tajemnice zostaną ujawnione, gdy Tetsuro wyruszy w podróż, która odkryje sekret tak straszny, że nawet Maetel z trudem może o nim mówić.