Jest rok 2314 n.e. Minęły dwa lata od pokonania Innovades i ujawnienia zbrodni A-Laws przeciwko ludzkości. A-Laws zostało rozwiązane, a jego infrastruktura włączona do Armii Federacji Sfery Ziemskiej. Jednak wystawienie świata na działanie Cząsteczek GN sprawiło, że wiele osób przebudziło się jako Prawdziwi Innovatorzy. Celestial Being powróciło w cień, by odbudować siły i po cichu obserwować ten niedojrzały pokój. Tymczasem opuszczona sonda z ekspedycji na Jowisza sprzed 130 lat zbliża się do Ziemi, przynosząc ze sobą nowy kryzys, który zagraża całej ludzkości. Gdy Celestial Being rozpoczyna swoją ostatnią misję, by ocalić ludzkość przed niewyobrażalnym zagrożeniem, Gundam Meister Setsuna F. Seiei ma odkryć prawdziwy cel swojej ewolucji jako Innovator. Plan Aeolia Schenberga wszedł w końcową fazę...