W 2199 roku, pięć lat po rozpoczęciu przez Gamilonów inwazji na Ziemię, planeta została spustoszona przez bomby kosmitów. Resztki ludzkości uciekły pod ziemię, by schronić się przed napromieniowaną powierzchnią. Pewnego dnia były pilot Susumu Kodai odkrywa kapsułę wysłaną z planety Iscandar, która informuje o urządzeniu mogącym usunąć promieniowanie z powierzchni Ziemi. Earth Defense Force odbudowuje pancernik Yamato, wyposażając go w nowy rodzaj napędu, by odbyć liczącą 148 000 lat świetlnych podróż na Iscandar w nadziei na ocalenie Ziemi. W ciągu roku promieniowanie doprowadzi resztę ludzkości do zagłady.