Oparta na faktach, „Colonia” opowiada historię Leny i Daniela – pary młodych uwikłanych w wojskowy przewrót w Chile w 1973 roku. Daniel zostaje uprowadzony przez tajną policję Pinocheta, po długich poszukiwaniach Lena lokalizuje go w zastrzeżonej placówce na południu kraju, zwanym Colonia Dignidad. Na zewnątrz Colonia wygląda na misję charytatywną, prowadzoną przez świeckiego pastora Paula Shafera, w rzeczywistości jest miejscem odosobnienia, z którego jeszcze nikt nie zdołał uciec. Lena postanawia przyłączyć się do grona mrocznych współwyznawców tego kultu, by odnaleźć Daniela.