Choć AIDS może być jedną z najbardziej budzących lęk chorób współczesności, naukowcy wciąż nie są zgodni co do tego, jak choroba powstała i jak rozprzestrzeniły się pierwsze przypadki. Dwaj filmowcy przyglądają się kontrowersyjnej teorii na temat początków choroby. Wykorzystując wywiady, kroniki filmowe i udokumentowane eksperymenty badawcze, The Origin of AIDS analizuje, jak połączenie dobrych intencji, niedbałych procedur laboratoryjnych i potrzeby nielicznych zdesperowanych osób, by ukryć swoje ślady, mogło doprowadzić do jednej z najpoważniejszych pandemii XX wieku.