Podczas wizyty na Hachijo-jima Conan zakrada się na pokład łodzi ochrony zmierzającej do Pacific Buoy, morskiego obiektu zbudowanego w pobliżu wybrzeży w celu połączenia kamer monitoringu wykorzystywanych przez siły policyjne na całym świecie. Jednak pewien inżynier zostaje uprowadzony! Pod wodą rozlega się złowieszczy odgłos śruby, a mroczna postać zaczyna zbliżać się do Ai Haibary... Gdy otwarta zostaje zakazana Czarna Skrzynka, zapieczętowana przeszłość wypłynie na zdradliwe fale!