Yuuta Hibiki budzi się w pokoju Rikki Takarady i zauważa dwie rzeczy: nie ma żadnych wspomnień, a z pobliskiego pomieszczenia słyszy tajemniczy głos wołający jego imię. Przy bliższym przyjrzeniu się odkrywa za ekranem starego komputera robota, który przedstawia się jako Hyper Agent Gridman. Ku zaskoczeniu Yuuty Rikka nie słyszy Gridmana ani nie widzi złowrogich potworów majaczących nad gęstą mgłą, która spowija miasto na zewnątrz. W mieście materializuje się kolejny wielki potwór i zaczyna siać spustoszenie. Wśród zamieszania Yuuta ponownie przyciągany jest do starego komputera i łączy się z Gridmanem. Nagle pojawia się w samym środku bitwy i zostaje zmuszony do walki z potworem. Wraz z Rikką i kolegą z klasy, Shou Utsumim, Yuuta tworzy „Gridman Alliance”, by pokonać potwory nękające miasto i odnaleźć osobę odpowiedzialną za ich pojawienie się.