Świat Cyfrowy staje się tak przeludniony, że superkomputer Yggdrasill, który nim zarządza, nie jest już w stanie nad nim panować. Jego rozwiązaniem jest Projekt Ark: unicestwienie większości mieszkańców za pomocą Programu X. Yggdrasill wybiera bardzo niewielki odsetek, który ma zostać przeniesiony do nowego Świata Cyfrowego, po czym przystępuje do zniszczenia starego. Niektóre Digimony, które nie zostały wybrane, mimo wszystko przeżywają i przenoszą się do nowego świata z rzadkim darem znanym jako przeciwciało X; przeciwciało to zmienia ich wygląd i czyni je potężniejszymi, a jednocześnie uodparnia je na Program X. Nie mając już kontroli, Yggdrasill wykorzystuje Królewskich Rycerzy do zniszczenia tych Digimonów X, będących wyrzutkami w nowym Świecie Cyfrowym.