W nowym roku kalendarzowym 392 w Neo-Tokio młody mężczyzna, Agino Jiro, kradnie system synchronizacji czasu i próbuje uciec w przeszłość. Władze ruszają za nim w pościg i uszkadzają jego statek, zmuszając go do lądowania we współczesnym Tokio. Zdeterminowany włamuje się do furgonetki i podłącza urządzenie, lekkomyślnie porywając Nobucho, Shinichiego, Teko oraz ich nauczyciela, Hokubeia. Ich początkowy opór sprawia, że trafiają do Tokio 9 marca 1945 roku, podczas amerykańskiej kampanii bombowej. Ponownie uciekając w przeszłość, grupa ostatecznie dociera do okresu Walczących Królestw. Tam przyszłość i przeszłość zderzają się, gdy frakcje z epoki Jiro próbują zmienić swoją przeszłość w przełomowym momencie w Honnoji.