W niedalekiej przyszłości Panther Claw niszczy budynek władz metropolitalnych Tokio. Rząd stolicy zostaje zmuszony do przeniesienia się na prowincję. W tym czasie Honey Kisaragi przenosi się do St. Chapel Academy w ramach specjalnego kursu. Kurs ten jest częścią projektu „New Generation Honey”, w którym uczennice, w tym Honey, stają się Cutie Honey.