Oparty na twórczości H.P. Lovecrafta, Shadow Beyond Time opowiada historię Nathaniela Wingate’a Peaslee’a, urodzonego w Arkham geniusza. W wieku 22 lat zostaje najmłodszym profesorem nadzwyczajnym w historii Miskatonic University. Jego świetlaną przyszłość przerywa zapadnięcie w śpiączkę, z której najwyraźniej nie ma się obudzić. Nie oznacza to jednak, że jego ciało nie budzi się w szpitalu, choć istota, która się w nim znajduje, wyraźnie nie jest Nathanieliem. 5 lat później Nathaniel powraca do swojego ciała i od tego momentu rozpoczyna intensywne poszukiwania, by odkryć, co się z nim stało. Wtedy zaczynają prześladować go niepokojące wizje — wizje, które odsłaniają wydarzenia nie tylko z jego niedalekiej przeszłości, lecz także z historii jego własnego rodu...