Drugi specjalnie zredagowany odcinek upamiętniający, z narracją Jean. To zapierająca dech w piersiach animowana morska przygoda pełna akcji. Fabuła skupia się na serii kluczowych bitew niezatapialnego okrętu podwodnego Nautilus oraz konflikcie między kapitanem Nemo a Gargoyle’em. To krótsza, bardziej zwarta wersja Nadia, zatytułowana „The Nautilus Story”, w której niemal całkowicie pominięto wątek poboczny i skupiono się na starciu Nemo z Gargoyle’em. Wycięto również niektóre sceny z ważniejszych odcinków. Serię kompilacyjną stworzył Hideaki Anno, który podobno był niezadowolony z ostatecznego kształtu serialu telewizyjnego. The Nautilus Story ukazało się wyłącznie w Japonii na VHS i laserdisc.