Trzeci i ostatni specjalnie zmontowany odcinek upamiętniający, z narracją Jean. To porywająca przygodowa animacja akcji rozgrywająca się na morzu. Fabuła skupia się na serii kluczowych bitew niezniszczalnego okrętu podwodnego Nautilus oraz konflikcie między kapitanem Nemo a Gargoyle’em. To krótsza, bardziej zwarta wersja Nadia, zatytułowana „The Nautilus Story”, która niemal całkowicie pomija wątek wypełniający i koncentruje się na starciu Nemo z Gargoyle’em. Wycięto także niektóre sceny z ważniejszych odcinków. Serię kompilacyjną zrealizował Hideaki Anno, który podobno nie był zadowolony z ostatecznego rezultatu serialu telewizyjnego. The Nautilus Story ukazał się wyłącznie w Japonii na VHS i laserdisc.