Kraje na całym świecie podpisały porozumienie o zmniejszeniu sił zbrojnych do 0,1% populacji oraz zakazie rozwoju broni masowego rażenia. Konflikt przeniósł się jednak z pola walki na wojnę wywiadów. W Japonii powstała specjalna agencja szkoląca szpiegów, zwana „Church”. Jej agenci, znani jako Sakura, muszą przestrzegać żelaznego kodeksu i nie mogą nawiązywać relacji z nikim poza przydzielonym im „Messiah”. Oto okrutny los kandydata na agenta Sakura, Shiby Shusuke, któremu powierzono zbadanie jednego z członków rady.