Inside the Khmer Rouge dogłębnie przygląda się historii, dominacji i obecnej sytuacji Czerwonych Khmerów (reżimu komunistycznego) w Kambodży. Film zawiera odkrywcze wywiady z żołnierzami zarówno współczesnych Czerwonych Khmerów, jak i tych, którzy z nimi walczą. Przedstawia szczegółową chronologię pięcioletniej okupacji Kambodży przez reżim, omawiając kluczowe postacie, ideologie i miejsca, które najbardziej ucierpiały. Następnie film przygląda się skutkom wycofania sił wietnamskich dla kambodżańskich obywateli. Inside the Khmer Rouge kontynuuje śledztwo w sprawie obecnych taktyk stosowanych przez współczesnych Czerwonych Khmerów oraz ich prób przekonywania zwolenników, by odbudować i rozszerzyć swój reżim. Z kolei lokalne siły, czyli „żołnierze dżungli”, opowiadają o sposobach, dzięki którym chcą zapewnić, że zniszczenia i okrucieństwa, których dopuścili się Czerwoni Khmerzy, nigdy się nie powtórzą.