Prowadząc ekspedycję w Niemczech, Kougami otwiera zapieczętowane miejsce spoczynku jednego z alchemików, którzy stworzyli Core Medals, próbując odzyskać zestaw zaginionych Medals. Gdy jednak pieczęć zostaje złamana, miliony Cell Medals wystrzeliwują w górę, tworząc wieżę i magiczną barierę, przez którą fragmenty Japonii wywracają się do góry nogami. Kiedy alchemiczka ujawnia swój plan, by stać się nowym OOO, Eiji i jego przyjaciele zostają przeniesieni w przeszłość. Muszą znaleźć drogę do domu i powstrzymać alchemiczkę, zanim zniszczy świat!