Cztery małe żółwiki i szczur pod wpływem kontaktu z żelem zwanym Ooze mutują, rosną i chodzą jak ludzie. Szczur, który kiedyś obserwował wschodnie sztuki walki uczy żółwie jak walczyć i posługiwać się bronią. Wkrótce przyjdzie im wykorzystać swoje umiejętności. Miasto popada w ręce bandziorów, wielu młodych ludzi zapisuje się do gangu, którego przywódcą jest niejaki Shredder, dawny wróg szczura Splintera. Leonardo, Donatello, Michelangelo oraz Rafaello decydują się z nim walczyć. A jedyną osobą w mieście, która chce im pomóc jest dziennikarka April O'Neal.