North Cormorant Island rozpoczyna się jako dokument obserwacyjny, ukazujący codzienne życie odległej japońskiej wioski rybackiej na wyspie Sado oraz rytuały, zwyczaje i pracę jej mieszkańców. Jednak gdy filmowiec spędza we wiosce coraz więcej czasu, ludzie zaczynają opowiadać o swoim życiu, a on sam zaczyna wspominać własne dzieciństwo w rodzinnej wiosce ojca w Walii i rozmyślać o czasie, miejscu, śmiertelności oraz relacjach ludzi z lądem i morzem.