Zapasy magicznego złotego pyłu Pana Konduktora, który pozwala mu podróżować między Shining Time a wyspą Thomasa, są na wyczerpaniu. Niestety, nie wie on, jak zdobyć go więcej. Tymczasem Thomas odpiera ataki paskudnych lokomotyw spalinowych. Zdobycie większej ilości złotego pyłu będzie wymagało pomocy leniwego kuzyna Pana C., jego nowej przyjaciółki Lily i jej ponurego dziadka, a także tajemniczej lokomotywy.