Cardcaptor Sakura: Clear Card rozpoczyna się w miejscu, w którym kończy się Cardcaptor Sakura — Sakura Kinomoto zaczyna naukę w gimnazjum wraz z przyjaciółmi, w tym ze swoim nowym chłopakiem Syaoranem, który właśnie wrócił do Tomoedy. Po proroczym śnie o tajemniczej postaci w płaszczu wszystkie Karty Sakury stają się puste i całkowicie tracą moc, co rozpoczyna jej poszukiwania odpowiedzi na pytanie, co się stało. W trakcie tych poszukiwań Sakura i jej przyjaciele, wraz ze swoimi strażnikami i opiekunami, kerobearos i Yue, odkrywają przezroczyste karty i chwytają je przy użyciu nowego, znacznie potężniejszego magicznego klucza i zaklęcia.