Życie Coby, babci filmowca Matthijsa Vuijka, wywraca się do góry nogami, gdy kościół wspólnotowy, do którego chodziła przez całe życie, w niewielkiej wsi Kortgene w Zelandii musi zostać zamknięty. Na szczęście kaznodzieja i przedsiębiorca Ruben van Zwieten kupuje kościół i chce przekształcić wspólnotę religijną, by była gotowa na XXI wiek i przyciągała młodych ludzi, a przy tym miała opłacone wszystkie rachunki. Church of Glass ukazuje konfrontację między niewielką, starzejącą się wspólnotą religijną z Kortgene a sprawnie prowadzonym, neoteologicznym przedsiębiorstwem, które wyrasta z wizjonerskiego planu transformacji Rubena van Zwietena.