Akcja Nightmare School rozgrywa się w imponującej Kaiser Academy — prywatnej szkole z internatem, wyglądającej jak żywcem wyjęta z gotyckiej powieści — i opowiada historię niewytłumaczalnego zniknięcia Vittorii. Grupa przyjaciół — Isa, Michi i Gibbo — łączy siły, by jej szukać, odkrywając, że szkoła jest czymś znacznie więcej niż miejscem nauki: owiana jest legendą, strzeże niebezpiecznych sekretów, a rządy sprawuje w niej autorytarna dyrektorka, dziedziczka mrocznego alchemika, który ją założył…