Sześć miesięcy po wydarzeniach z Magiczna dziewczyna, Liryczna Nanoha: Film 1, Fate powróciła do Uminari City z Lindy jako jej prawnym opiekunem i prowadzi życie normalnej uczennicy szkoły podstawowej wraz z Nanohą i jej przyjaciółmi. Ponowne spotkanie między dwiema świeżo upieczonymi przyjaciółkami zostaje jednak przerwane, kiedy zostają one zaatakowane przez czwórkę starożytnych magów, czyli tzw. Wolkenritterów. Kiedy motywy stojące za ich działaniami stają się jasne, Nanoha i Fate znajdują się w wyścigu z czasem, aby powstrzymać reaktywację bardzo niebezpiecznego artefaktu znanego jako Księga Ciemności.