Trzy dekady po wielkiej wojnie między ludźmi a Zentradi rząd U.N. opracowuje nowe technologie do wykorzystania w swoich transformujących się myśliwcach, przeprowadzając testy na planecie-kolonii Eden. Wojskowi piloci testowi i byli przyjaciele z dzieciństwa — niezdyscyplinowany Isamu Alva Dyson oraz Zentradi mieszanej rasy Guld Goa Bowman — zostają wybrani do pilotowania nowych maszyn (YF-19 firmy Shinsei Industries i YF-21 firmy General Galaxy) w ramach projektu Project Super Nova, którego celem jest wyłonienie następcy myśliwca zmiennej konfiguracji VF-11 Thunderbolt, wciąż używanego przez siły wojskowe U.N. Spacy. Ich osobiste urazy zakłócają testy i zaczynają siać spustoszenie w programie.