With God On Our Side przygląda się teologii chrześcijańskiego syjonizmu, która głosi, że Żydzi, jako naród wybrany przez Boga, mają boskie prawo do ziemi Izraela. Niektóre aspekty tego systemu przekonań sprawiają, że część chrześcijan na Zachodzie bezkrytycznie popiera politykę izraelskiego rządu, nawet gdy uprzywilejowuje ona Żydów kosztem Palestyńczyków, co prowadzi do wielkiego cierpienia zarówno muzułmańskich, jak i chrześcijańskich Palestyńczyków oraz zagraża bezpieczeństwu całego Izraela. Film pokazuje, że istnieje biblijna alternatywa dla chrześcijan, którzy chcą kochać i wspierać mieszkańców Izraela — teologia, która nie faworyzuje żadnej grupy etnicznej, lecz promuje pokój i pojednanie między Żydami a Palestyńczykami.