Deep in the Valley przeplata historię młodzieńczego romansu rozgrywającego się w Yanaka (części dawnego centrum Tokio) z japońskim dramatem kostiumowym opartym na Five-Story Pagoda, klasycznym utworze literackim Rohan Kody. We współczesnej historii Kaori, młoda kobieta pracująca dla organizacji non-profit, która odnawia domowe filmy, dowiaduje się, że niegdyś pośrodku cmentarza Yanaka stała pięciopiętrowa pagoda. Spłonęła w 1957 roku, a krążą pogłoski, że ktoś ma film 8 mm przedstawiający pożar.