Akcja rozgrywa się w 2027 roku, rok po zakończeniu czwartej wojny nuklearnej. New Port City wciąż zmaga się ze skutkami wojny, gdy dochodzi tam do zamachu bombowego spowodowanego przez samobieżną minę. Następnie zastrzelony zostaje wojskowy zamieszany w łapówki związane z handlem bronią. Podczas śledztwa Daisuke Aramaki z Sekcji Bezpieczeństwa Publicznego spotyka Motoko Kusanagi, cyborga i genialną hakerkę przydzieloną do 501. Tajnej Jednostki wojskowej. Batou, człowiek z „okiem, które nie zasypia”, podejrzewa, że to Kusanagi stoi za zamachem. Detektyw Togusa z policji prefektury Niihama prowadzi własne śledztwa w dwóch sprawach: śmierci w wyniku postrzelenia oraz morderstwa prostytutki. Sama Motoko jest obserwowana przez Kurutsu, dowódcę 501. Tajnej Jednostki, oraz agentów-cyborgów.