Wiosną uczeń Makoto Yuki przenosi się do liceum Gekkoukan. Gdy zmierza do nowego akademika, słuchając muzyki na słuchawkach, zostaje zatrzymany. A dokładniej: czas staje w miejscu, a ludzie wokół niego zamieniają się w trumny. Makoto dowiaduje się, że ten okres ukryty między minutami północy nazywa się Mroczną Godziną — porą, w której pojawiają się potwory zwane Cieniami. Mitsuru i Akihiko, jego starsi koledzy, niespodziewanie mianują go przywódcą jego koleżanki i kolegi z klasy, Yukari i Junpeia. Makoto musi nauczyć się empatii, zrozumieć więź łączącą go z towarzyszami oraz pojąć znaczenie śmierci. Gdy kieruje w głowę Evoker, budzi Personę i walczy z Cieniami, które z tajemniczej wieży Tartarus zagrażają jego światu.