Uwolniona od obowiązków w organizacji 501, Motoko Kusanagi musi teraz nauczyć się wykonywać rozkazy Aramakiego. Ktoś włamuje się do Logicomów, a Batou prosi o pomoc byłego oficera wywiadu wojskowego Ishikawę oraz byłego eksperta od artylerii przeciwlotniczej Bormę. Kusanagi stara się również zwerbować znakomitego snajpera Saito i tajnego policjanta Paza do nowej Sekcji Bezpieczeństwa Publicznego 9.