Gdy kolejny Mega Shark powraca z morskich głębin, siły zbrojne na całym świecie przechodzą w stan najwyższej gotowości. Ruch na oceanach zamiera, a wszyscy żyją w strachu przed nienasyconą bestią. Nie mając już żadnych możliwości, rząd USA uruchamia ściśle tajny projekt Mecha Shark — mechanicznego rekina zbudowanego tak, by mieć dokładnie takie same cechy jak Mega. Para naukowców pilotuje mechaniczną bestię, walcząc z Mega w zaciętej bitwie o ocalenie planety. Gdy jednak awaria mechanizmu sprawia, że Mecha zaczyna atakować ludzi, naukowcy muszą jakoś naprowadzić Mega na Mechę, licząc, że dwa tytany zabiją się nawzajem — albo narazić świat na nieopisane zniszczenia.