Kontynuacja losów Jasona Bourne'a - byłego tajnego agenta CIA. Okazuje się, że program Treadstone został zmodyfikowany i przemianowany na Black Briar, podlegający amerykańskiemu Ministerstwu Obrony. Agencja odcięła się od swojej niechlubnej przeszłości, jednak wciąż obawia się zagrożenia ze strony Bourne'a, postanawia więc go zlikwidować. Tymczasem Bourne'a prześladują niejasne wspomnienia z jego przeszłości sprzed zaniku pamięci. Ucieczka przed poprzednim życiem okazuje się być niemożliwa, dlatego Bourne postanawia wrócić do początku i dowiedzieć, kto i po co go stworzył. Podróżując przez Moskwę, Berlin, Londyn, Madryt, dotrze w końcu tam, gdzie wszystko się zaczęło i musi się skończyć - do Nowego Jorku.