Pod koniec XIX wieku katolicyzm zyskiwał przyczółek na wyspie Jeju, ku przerażeniu społeczności konfucjańskiej, która obserwowała zarówno zmniejszanie się swoich wpływów, jak i nakładanie coraz wyższych podatków przez przychylnych katolikom urzędników państwowych. Konflikt przerodził się w wojnę religijną, w wyniku której rebeliancka armia konfucjańska w ciągu zaledwie kilku dni wymordowała setki chrześcijan. The Uprising przedstawia wydarzenia prowadzące do ataku, koncentrując się na historii Yi Jae-su, młodego mężczyzny, który miał zostać przywódcą rebelianckiej armii.