Fabułę Marine Express można podzielić na dwie części. Pierwsza skupia się na osobach wsiadających do pociągu i problemach, które napotykają podczas podróży. Druga rozgrywa się po tym, jak pociąg zatrzymuje się w połowie trasy na wyspie, która tysiące lat temu była siedzibą starożytnej cywilizacji i skrywa wiele tajemnic.