Rok 2199. Yamato próbował opuścić galaktykę Wielki Obłok Magellana po otrzymaniu w miejscu przeznaczenia, Iscandar, „Cosmo Reverse System”. Jednak nagle na skraju galaktyki Wielki Obłok Magellana napotyka tajemniczą grupę. Załoga dowiaduje się, że grupa ta nazywa się „Gatlantis”, a jej przywódcą jest dowódca ekspedycyjnych sił Gutaba, przedstawiający się jako „Goran Dagaamu of Thunder”. Dowódca żąda wydania mu Yamato. Yamato, chcąc jak najszybciej dotrzeć na Ziemię, uchodzi z pola walki. Jednak Yamato zostaje zaatakowany przez niszczycielską broń promieniową zwaną „Flame Direct Attack Cannon”, która potrafi przekraczać granice przestrzeni.