W przeciwieństwie do trzech poprzednich filmów, Pure koncentruje się na relacji między Misu Aratą a Shingyoujim Kanemitsu, która zaczyna się, gdy Shingyouji zdaje egzamin wstępny do Shidou Gakuen. Wtedy poznaje Misu i zakochuje się w nim. Następnie wracamy do teraźniejszości, gdzie pojawia się sempai podziwiający Misu, przynosząc Shingyoujiemu problemy i wzbudzając jego zazdrość.