Akcja kolejnej odsłony rozgrywa się zimą 2028 roku, gdy widać już oznaki powojennej odbudowy. W New Port City narastają napięcia w związku z demonstracjami dotyczącymi interesów zagranicznych karteli. Dochodzi do strzelaniny z udziałem policji do tłumienia zamieszek. Wszystko zaczęło się od infekcji cybermózgu, którą rozprzestrzenił terrorysta „Fire Starter”. Niezależna jednostka ofensywna dowodzona przez Makoto Kusanagi powierza swoim duchom stłumienie sytuacji i dąży do wymierzenia sprawiedliwości na własnych zasadach. U podstaw incydentu leżą „blaszana dziewczynka” Emma i „człowiek-straszak” Burinda Junior. Zajmując się incydentem, Kusanagi zbliża się do tego, czego szukały te dwa duchy.