Kenta, początkujący mistrz Pokemon, spotyka się ze swoją przyjaciółką z dzieciństwa, Mariną, w Centrum Pokemon, aby sprawdzić, jak rozwinęły się ich umiejętności. Ich pojedynek przerywa burza oraz przybycie Bashou i Busona, dwóch członków Rocket-dan korzystających z Crystal System (który przyciąga Pokemon typu Electric). Ich ostatecznym celem jest, pod kierunkiem profesora Shiranui, sprowadzenie Pokemonów z powrotem do Sakakiego. Kenta i Marina przypadkiem odkrywają ten plan i próbują go powstrzymać, lecz sytuacja komplikuje się, gdy legendarny Pokemon Raikou zostaje schwytany.