Ninja Over the Great Wall rozgrywa się na początku lat trzydziestych, gdy Chiny są okupowane przez japońskie siły imperialne. Wa Chi Keung jest chłopem, któremu udało się uciec przed masakrą mieszkańców jego wioski dokonaną przez Japończyków. Dołącza do swojego mistrza w Bejing na krótko przed tym, jak starzec zostaje zamordowany przez ninja.