Gyakusatsu Kikan opowiada o czasie w którym eksplodował wojenny terror - dokładniej od momentu zniszczenia Sarajewa ręcznie zbudowaną bombą atomową. Wiodące demokracje przekształciły się w państwa policyjne a świat rozwijający się utonął w fali ludobójstwa. Za upadek światowego systemu wydaje się być odpowiedzialny amerykanin znany jako John Paul a agent wywiadu Clavis Shepherd ma za zadanie wyśledzić domniemanego sprawcę wśród ruin cywilizacji - oraz znaleźć prawdziwe serce ciemności - narząd (organ) ludobójstwa.