Oz rozgrywa się w postapokaliptycznej niedalekiej przyszłości, po III wojnie światowej. Znaczna część świata zamieniła się w pustynię. Ocalała ludność rozpadła się na wiele narodów, które walczą o kurczące się zasoby planety. Jedyną nadzieją wydaje się legendarne Oz, zaginione laboratorium założone przez wybitnych naukowców. Filicia Epstein, ocalała córka rodziny wybitnych naukowców, wyrusza wraz z najemnikiem Yo Muto na poszukiwania Oz oraz, jak ma nadzieję, swojego zaginionego brata Lyona, o którym krążą pogłoski, że tam przebywa. Filicia i Muto otrzymują znacznie więcej, niż się spodziewali.