„The Phoenix Agenda” opowiada o zmaganiach agenta antyterrorystycznego Ryana Burke’a, który próbuje wyeliminować zagrożenie atakiem bioterrorystycznym. Gdy jedyny trop Ryana w tej sprawie, haker zwany „The Phoenix”, zostaje odbity z federalnego aresztu przez dwoje zawodowych zabójców, Taran Miner i Dominique Nivara, zarówno on, jak i haker zostają uwikłani w sieć nieustannie zmieniających się sojuszy — bez czasu, drogi ucieczki i pewności, komu naprawdę mogą zaufać.