Makoto Yuki i jego sojusznicy rozwinęli się dzięki więziom, które nawiązali, i rozstaniom, których doświadczyli. Korzystając z mocy Persony, nadal walczą, by położyć kres Ciemnej Godzinie, w nadziei, że po zakończeniu bitwy czekają na nich spokojne dni. Gdy jednak pora roku zmienia się na zimę, powracają wspomnienia sprzed dziesięciu lat, a chłopiec, którego uważają za przyjaciela, ostrzega członków S.E.E.S., że bliski jest „Upadek” — wydarzenie, które zniszczy całą ludzkość — stawiając grupę przed trudnym wyborem, którego muszą dokonać przed sylwestrem.