Minęło 10 lat od konfrontacji Kiry i L. Ponownie Shinigami wysyła notatniki śmierci na ziemię i wkrótce z tego powodu świat pogrąża się w chaosie. Tsukuru jest członkiem specjalnej grupy zadaniowej do spraw Death Note, w której wraz z nim działa 6 innych śledczych, w tym Matsuda, który 10 lat temu uczestniczył w sprawie Kiry. Masowe morderstwa spowodowane przez notatnik śmierci mają miejsce na Wall Street w USA, w Shibuyi w Japonii i w innych miejscach. Światowej sławy prywatny detektyw Ryuzaki, prawowity następca L, również bada sprawę masowych morderstw. Odkrywają, że na świecie istnieje 6 notatników śmierci. Wirus komputerowy o nazwie Kira rozprzestrzenia się na całym świecie. Wiadomość zawarta w wirusie Kira nakazuje przekazać 6 notatników śmierci. Osoba posiadająca 6 notatników śmierci przejmuje kontrolę nad światem. Rozpoczyna się konfrontacja między osobą, która chce przywrócić Kirę, a ludźmi, którzy chcą ją powstrzymać.