Piętnaście lat temu, na bezludnym obszarze Pacyfiku, statek wycieczkowy zderzył się z górą lodową i zatonął. Ponad dekadę później Hideto Yashiro — inżynier okrętowy — zginął w tragicznym wypadku samochodowym. Nieoczekiwany związek między tymi wydarzeniami wychodzi na jaw dopiero na luksusowym liniowcu St. Aphrodite, podczas jego dziewiczego rejsu. Kogorou Mouri, jego córka Ran, Conan Edogawa i Młodzi Detektywi spędzają tam upragnione wakacje, na które zaprosiła ich rodzina Sonoko Suzuki. Ich zabawę wkrótce przerywa jednak zniknięcie Sonoko podczas zabawy w chowanego.