Jest rok 73 ery kosmicznej. Wojna Krwawej Walentynki, toczona między kosmicznymi koloniami PLANT a narodami Federacji Atlantyckiej, dobiegła końca, a w sferze ziemskiej zapanował niepewny rozejm. Wraz z podpisaniem traktatu Junius Seven żołnierze całego świata opuścili pola bitew i pozostawili za sobą makabryczne obrazy wojny. Wielu z tych, którzy walczyli, szuka teraz pokoju i schronienia w cywilnym życiu. Jednak dla jednego chłopca, Shinna Asuki, okazuje się to niezwykle trudne. Coordinator, który podczas bitwy o Orb stracił całą rodzinę, walczy teraz u boku ZAFT w jednej z ich najnowszych maszyn, ZGMF-X56S Impulse. Oczywiście ZAFT opracowuje te maszyny wyłącznie do celów obronnych — a przynajmniej tak twierdzi — lecz gdy grupa agentów Federacji kradnie kilka prototypowych maszyn, świat po raz kolejny zostaje pogrążony w wojnie.