Ten dokument podważa założenie, że szczepionki są bezpieczne. Wśród przedstawionych argumentów znajdują się stosowanie metali ciężkich, takich jak rtęć, związki ze spektrum autyzmu oraz duża liczba szczepionek podawanych dzieciom w bardzo młodym wieku. Film opowiada o koszmarze rodziców, którzy stracili dziecko wkrótce po serii szczepień. Vaccine Nation porusza temat rządowych tuszowań i oszustw oraz korupcji w środowisku naukowym.