Gdy skradziony zostaje największy sekret szogunatu, los narodu staje pod znakiem zapytania. Szogunat wysyła do Kioto niekompetentnego policjanta Tanakę, by pełnił rolę przynęty, licząc na to, że złodzieje zabiją Tanakę, a Ninja Spies — złodziei. Szogunat nie zdaje sobie jednak sprawy, że jeszcze bardziej niekompetentny pomocnik Tanaki, Mondo, jest w rzeczywistości przywódcą gangu mścicieli do wynajęcia, którego motto brzmi: „Pewna śmierć” (albo zwrot pieniędzy bez zbędnych pytań). Mondo nie wie, że wszyscy wiedzą o sekrecie, ale wszyscy sądzą, że on o nim wie. Biedny Mondo musi radzić sobie nie tylko z oszalałymi ekstremistami szogunatu, ekscentrycznymi ninja, przestępcami pracującymi dla Cesarza i zagranicznymi szwadronami śmierci jeżdżącymi na rowerach. Musi także zmagać się z żoną i szaloną teściową!