Historia skupia się na 16-letnim Protagonist po jego przeniesieniu do liceum Shujin w Tokio. Mieszkając u przyjaciół swoich rodziców, poznaje dwoje innych uczniów: sprawiającego problemy Ryuuji Sakamoto oraz wycofaną Anne Takamaki, a także mówiące, zmieniające kształt kocie stworzenie znane jako Morgana. W tym czasie, czując się tłumieni przez swoje otoczenie, cała czwórka tworzy grupę znaną jako „Phantom Thieves”, wspólnie przeprowadzając włamania i napotykając po drodze tajemnicze zjawiska.