Szef yakuzy zatrudnia Goemona Ishikawę, współczesnego samuraja, by chronił go na pokładzie jego wycieczkowca z kasynem. Wszystko wymyka się spod kontroli, gdy słynny złodziej Lupin Trzeci próbuje obrabować statek. Lupin jest ścigany przez potężnego i tajemniczego człowieka zwanego „Duchem Bermudów”. Gdy pracodawca Goemona ginie w wynikłym chaosie, jego honor zostaje wystawiony na próbę, a jedynym sposobem, by go ocalić, jest przelanie krwi. Jednak ten przeciwnik jest zupełnie inny niż wszyscy dotychczasowi, a żeby naprawić sytuację, Goemon będzie musiał naostrzyć nie tylko swój miecz, lecz także samego siebie!